天然食用色素一般穩定性較差，對光、熱、酶菌等較敏感。為保持其天然性與穩定性，天然食用色素的制備方法一般都采用物理法。

    天然色素膜分離濃縮設備是利用超濾+納濾的一體機方式設計，超濾設備作為產品澄清提純的功效，濾掉提取液中的鞣質、纖維素、蛋白質、膠體等大分子雜質，納濾設備作為產品主要濃縮設備，濾掉產品中多余的溶劑成分和金屬離子及其他鹽類，起到高效濃縮的效果。

       超濾用于生產天然色素的澄清，替代了傳統澄清方法，它能將大分子懸浮物及蛋白進行有效截留而讓澄清的色素提取液滲透通過膜進入滲透液側，對于有些色素品種，超濾法可以提高3倍左右。

      膜濃縮常用于天然色素常溫下的濃縮/除水，通常與蒸發器聯用或取代蒸發器，過濾時，水及部分小分子雜質(如紅曲紅中桔霉素)通過膜而色素組分則被截留濃縮，達到濃縮色素的同時去除了小分子雜質，提高產品品質。